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牛CAMK4基因的编码区克隆、组织表达谱及其生物信息学分析

2023-07-24分类号:S823

【作者】包斌武  任倩倩  王晋鹏  李彦霞  冯芬  罗仍卓么  王兴平  
【部门】宁夏大学农学院  宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室  
【摘要】【目的】旨在进行牛钙调蛋白依赖性蛋白激酶4(Calmodulin-dependent protein kinase 4,CAMK4)基因编码区(Coding sequence,CDS)的克隆、CAMK4蛋白的功能预测分析及CAMK4基因在西门塔尔牛各组织中的组织表达谱分析。【方法】采用RT-PCR结合测序技术获得牛CAMK4基因的CDS区,利用PortParam、ProtScale、SOPMA和DNAMAN等生物信息学在线工具进行CAMK4基因及其所编码蛋白质的序列分析,并利用qRT-PCR检测CAMK4基因在西门塔尔牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和睾丸组织中的表达量。【结果】牛CAMK4基因CDS区的长度为801 bp,编码一条266个氨基酸组成的不稳定且无跨膜结构域的亲水的酸性蛋白质。牛CAMK4蛋白存在丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)残基的19个磷酸化位点,主要在细胞质中发挥作用。该蛋白质含有1个蛋白激酶C超家族(PKc_like superfamily)结构域和1个尿嘧啶DNA糖基化酶(PHA03201)结构域,同时,蛋白互作网络预测发现CAMK4蛋白可能与HDAC5、HDAC4、CAMKK1、CALM、CREB1、CALM2、PLCG2、CAMKK2、CALML3和CALML5蛋白有相互作用。CAMK4基因在西门塔尔牛睾丸组织中的表达量极显著高于心、肝、脾、肺、肾和肌肉组织。结合生物信息学分析结果,提示CAMK4基因可能参与调控细胞周期和免疫反应,并在精子发生及运动、精原干细胞自我更新等生物学过程发挥重要作用。【结论】本研究为进一步揭示牛CAMK4基因的功能和促进高繁殖力肉牛分子育种技术的研发提供基础资料。
【关键词】CAMK4  基因克隆  生物信息学  组织表达谱
【基金】宁夏回族自治区重点研发计划(引才专项)项目(2020YCZX0063);宁夏回族自治区重点研发计划(重点)项目(2021BEF02029);; 宁夏大学引进人才科研启动项目(030900002254)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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