【摘要】【目的】通过对蒲桃属叶绿体基因组的特征、密码子使用模式以及系统发育分析，探讨蒲桃属系统发育关系及密码子偏好性的形成因素，促进其药用价值进一步开发利用。【方法】本研究以Illumina高通量测序技术获得的红枝蒲桃叶绿体基因组序列和从NCBI直接获取的蒲桃属5个种的叶绿体基因组为研究对象，利用Rstudio及其他软件，分析蒲桃属6个物种叶绿体基因组特征、密码子使用模式和系统发育关系。【结果】蒲桃属叶绿体基因组IR区相对保守，LSC区和SSC区非编码区变异较大，编码区较为保守，但6个物种编码区的ycf1基因表现出明显的变异性；蒲桃属物种大多与桉属聚在同一大支；密码子偏好性分析表明，GC、GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)含量均稳定在一个值附近，GC_(3)含量最低仅达28%左右，且RSCU>1的30个高频密码子中有29个以A/U结尾；GC_(3)与GC_(12)的相关系数最大为0.141，未达到显著水平；ENC比值多分布在0.05～0.15。【结论】蒲桃属叶绿体基因组高度保守，与桉属(Eucalyptus）亲缘关系较近。第三位密码子偏好使用A/U结尾，密码子使用模式在受到突变影响的同时，主要受到自然选择的影响。CGU、AGU、AAA、GCU、GGU、GUA、GAA等蒲桃属6个物种的共同最优密码子为蒲桃属叶绿体基因组的最优密码子。