【摘要】【目的】为明确不同辣椒品种（系）苗期根际细菌群落结构的差异性，探讨地方品种辣椒和人工选育辣椒根际细菌群落特性，挖掘可能对地方品种定殖起关键作用的细菌群类。【方法】以云南文山地区地方辣椒品种（WG1、9F33）和人工选育品系（Y19278、Y19292）为研究对象，运用16S rDNA分析不同品种（系）对其根际细菌群落结构的影响。【结果】4个辣椒品种（系）根际细菌的Ace指数在370.82～376.48，Chao1指数在371.23～380.32，均显著（P<0.05）高于种植前土壤的309.24和308.24。种植前土壤的Shannon指数是6.7315，显著（P<0.05）高于其他品种（系）辣椒，尤其在运输与代谢方面。【结论】种植不同品种（系）辣椒均显著提高土壤细菌群落多样性和丰富度。地方品种辣椒（WG1、9F33）和人工选育品系辣椒（Y19278、Y19292）根际细菌群落结构存在显著差异，其之间出现显著丰度差异的根际细菌类型。此外相较于人工选育品系，地方品种WG1对根际细菌群落生命活动具有较高的诱导和促进作用，表现在运输与代谢相关的基因功能中。这对于下一步开发针对地方品种辣椒专用生物菌肥、土壤改良剂和生物药具有指导意义。