【摘要】目前芦竹属(Arundo)菌草形态学的鉴定方法已经建立，但是在分子水平上的研究较少。对芦竹属菌草进行分子鉴定与选择压力分析可为菌草的杂交育种奠定基础。本研究通过PCR扩增得到芦竹属菌草的ITS2基因序列，并对它们的叶片进行转录组测序，通过生物信息学方法对其进行分子鉴定与选择压力分析。结果表明：在6.21百万年-9.75百万年前，以及5.14百万年-8.07百万年前分别进行了两次大规模的分化，将它们分为3大类(‘绿洲3号’‘绿洲5号’‘绿洲6号’‘绿洲8号’、‘绿洲2号’‘绿洲4号’‘绿洲7号’‘绿洲12号’和其他菌草)。选择压力分析筛选出‘绿洲1号’和‘绿洲3号’的正选择基因，它们大部分与转录调控、抗逆与发育相关。研究结果揭示了芦竹属菌草品种之间的关系和受到正向选择的基因与位点，为芦竹属菌草的适应性进化提供见解，也为今后的遗传改良提供靶点。