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暗纹东方鲀TGF-β1基因的克隆、表达特征及生长性状相关SNP位点筛选

2023-05-26分类号:S917.4

【作者】马思思  喻伟峰  张凯  张雯雯  唐晓东  刘雨曦  尹绍武  王涛  
【部门】南京师范大学海洋科学与工程学院  江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心  
【摘要】为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,本研究采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2217 bp,包含5’UTR 51 bp,3’UTR 1014 bp,ORF 1152 bp,编码383个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。进化树分析表明暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支,与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%~73.33%)。qRT-PCR检测显示TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达,其中肾脏表达量最高,心脏和脾脏表达量次之。通过SNP位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析,发现TGF-β1上的SNP g. 3908 C>A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关,其中CC型是优势基因型,且CC型个体体宽、肥满度较高。研究结果证实了TGF-β1基因与暗纹东方鲀生长性状有一定的相关性,有望为暗纹东方鲀分子标记辅助育种提供基础资料。
【关键词】暗纹东方鲀  TGF-β1  表达特征  生长性状  SNP
【基金】江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(JBGS[2021]034);; 江苏省农业科技自主创新项目CX(22)2029;; 国家自然科学基金(32172948,31800436);; 国家重点研发计划(2018YFD0900301);; 江苏省自然科学基金青年基金(BK20210563)
【所属期刊栏目】海洋渔业
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