油麦吊云杉叶绿体基因组特征及密码子偏性分析
2023-04-21分类号:S791.18
【部门】西南林业大学林学院 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室 云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室 云南省林业科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室 哈巴雪山省级自然保护区管护局
【摘要】【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云杉cpDNA是一个全长为124 161 bp的环状DNA分子,与典型的具有保守的四分体cpDNA结构不同,油麦吊云杉cpDNA中存在反向重复区域的丢失,其cpDNA的GC含量为38.7%。油麦吊云杉cpDNA包含113个基因,其中蛋白质编码基因76个,核糖体RNA基因4个,转运RNA基因33个,系统发育分析显示,油麦吊云杉和西加云杉聚为一个独特的分支,油麦吊云杉cpDNA密码子不同位置上的GC含量从低到高依次是GC3(49.39%) A、G> C,说明在油麦吊云杉绿体基因组密码子的偏好性受选择、突变等因素的影响。最终UCU、AAA、GGU、GCA、GUU、UGU、UCC、CAU、GCU、CGU、GAA和AUU等12个密码子被确定为油麦吊云杉绿体基因组的最优密码子。【结论】油麦吊云杉cpDNA密码子偏好使用A或U结尾的密码子,选择和突变是其CUB的主要影响因素。
【关键词】油麦吊云杉 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子
【基金】国家自然科学基金项目(31860177);; 昆明市国际(对外)科技合作基地(GHJD-2020031);; 云南省产业技术领军人才项目(YNWR-CYJS-2018-037);; 云南低碳发展引导专项(2021135);; 云南省中青年学术和技术带头人后备人才项目(202205AC160044)
【所属期刊栏目】中南林业科技大学学报
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