【摘要】【目的】探究贵州地区黄化香榧的菌根真菌种类及优势菌群差异，比较4个地区黄化香榧根内真菌及根际土壤真菌群落组成差异，探讨黄化香榧根系真菌多样性及群落结构。【方法】选取贵州省贵阳市、修文县、正安县、务川仡佬族苗族自治县4个地区出现黄化现象的香榧群落为研究对象，采集黄化香榧根系及根际土壤进行高通量测序，分析其根系真菌多样性及群落结构差异性，对比4个地区根内与根际土壤的真菌结构差异。【结果】取得黄化香榧根系558 253条有效序列，香榧根际土壤568 821条有效序列；黄化香榧根系-根际真菌分布于5门15纲23目33科46属61种。优势真菌门为子囊菌门Ascomycota、被孢霉门Mortierellomycota、担子菌门Basidiomycota，占整体真菌群落总丰度的90%以上；从真菌种群结构上看，4个地区根内生真菌中，子囊菌门Ascomycota为最大优势门，根际土壤真菌中被孢霉门Mortierellomycota为最大优势门，根内与根际最大优势门存在差异。在各地区中，务川县和正安县被孢霉门Mortierellomycota、被孢霉纲Mortierellomycetes丰度较高，修文县与省植物园被孢霉门Mortierellomycota、被孢霉纲Mortierellomycetes丰度较低，务川县与正安县在真菌结构上相似度较高，修文县与省植物园在真菌结构上相似度较高，而务川县、正安县与修文县、省植物园在真菌结构上又有差异；4个地区黄化香榧样品共有2 485个真菌OTUs，根际土壤共有1 198个真菌OTUs，根内生真菌共有1 287个真菌OTUs。【结论】根际微生物群落结构除了受植株健康影响外，还受地区所影响，4个地区的黄化香榧根系真菌种群在组成和结构上存在明显差异。