辣椒WOX基因家族的鉴定及表达分析
2023-06-25分类号:S641.3
【部门】湖南大学生物学院隆平分院 湖南农业大学园艺学院 园艺作物种质创新与新品种选育教育部工程研究中心 蔬菜生物学湖南省重点实验室
【摘要】利用辣椒的全基因组数据从辣椒中鉴定出了10个WOX基因,并按照其在染色体上的分布顺序命名为CaWOX1、CaWOX2、 CaWOX3、…、CaWOX10,对它们的理化性质、染色体定位、与番茄的进化关系、蛋白保守基序、组织表达水平及在高温(42℃)、低温(10℃)胁迫下的表达水平进行分析。结果表明:辣椒WOX基因家族各成员的理化性质差异较大,10个家族成员编码的氨基酸长度为127~318 aa,蛋白相对分子质量为14 740~36 070,开放阅读框长度为384~957 bp,蛋白理论等电点(PI)为5.66~10.01;在染色体上的分布较为均匀,大部分分布在染色体的两端;系统进化树分析表明,辣椒WOX基因家族可分为现代、中间、古代3支,与番茄进化关系一致;蛋白保守基序显示,除CaWOX3外,其余蛋白都含有Motif1与Motif2,且二者总是紧密相连出现;组织表达水平分析表明,除了部分CaWOXs具有特异性表达模式外,大部分成员在组织中不表达或弱表达;高温、低温处理能够刺激或抑制WOX基因家族成员的表达。
【关键词】辣椒 WOX基因家族 生物信息学 基因表达
【基金】国家重点研发计划项目(2019YFD1000300);; 湖南省教育厅项目(19B271);湖南省教育厅重点项目(20A259);; 中国博士后基金项目(2021M701177)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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