蔷薇科小G蛋白ROP的鉴定、分类及特征分析
2023-07-26分类号:Q943
【部门】塔里木大学农学院 南疆农业有害生物综合治理兵团重点实验室 塔里木大学园艺与林学学院
【摘要】为全面系统地挖掘蔷薇科小G蛋白ROP,在分子水平上为蔷薇科抗病育种提供候选基因。物种系统进化关系分析、ROP蛋白全基因组筛查、Rho功能域分析、蛋白聚类分析及理化性质分析分别运用了NCBI、iTOLv6、GDR、SMART、MEGA11.0和Maximum-likelihood algorithm1及Protparam和expasy等数据库及生物信息学在线软件。11种蔷薇科植物聚为6个亚支;11种蔷薇科植物中筛查到80个ROP蛋白;80个蔷薇科ROP蛋白和11个拟南芥ROP蛋白聚为6个进化分支;蛋白长度、等电点、分子量、脂肪指数及不稳定指数分别为143~215 aa、5.59~9.63、15.74~23.07 ku、85.28~94.95和27.96~57.14。80个蔷薇科ROP蛋白在草莓中数量最多,甜樱桃最少;蔷薇科ROP蛋白分布于第Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ分支中,拟南芥ROP蛋白分布于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ分支中,即分支Ⅵ为蔷薇科特异性分支,分支Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ为拟南芥特异性分支。
【关键词】蔷薇科 小G蛋白ROP 全基因组筛查 Rho功能域 系统进化关系 蛋白理化特征
【基金】国家自然科学基金项目(32160644);; 塔里木大学校长基金项目(TDZKBS202101)
【所属期刊栏目】华北农学报
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