【摘要】为正确区分青海湖裸鲤和花斑裸鲤，向科学研究及偷捕鱼货物的司法鉴定提供相应的数据支撑。对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体基因组进行测序和生物信息学分析。此外，基于36种鲤科鱼类的线粒体全基因组序列用最大似然法(ML)构建鲤科鱼类系统发育树。结果表明，青海湖裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 720 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个青海湖裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.68%A、27.29%T、18.16%G及25.87%C,AT偏向性显著(55.97%)。花斑裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 760 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个花斑裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.63%A、27.22%T、18.26%G及25.88%C,同样具有明显的AT偏向性(55.85%)。青海湖裸鲤和花斑裸鲤线粒体基因组所有蛋白编码基因以ATG作为起始密码子，绝大多数蛋白编码基因以TAG或TAA作为终止密码子，少数以不完全密码子(T--)作为终止密码子，所有的tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。系统发育分析结果显示，裸鲤属所有物种都聚为一个类群，并与光倒刺鲃、大理裂腹鱼和扁吻鱼的亲缘关系较近。该研究基于线粒体基因组的系统发育分析未将青海湖裸鲤和花斑裸鲤准确区分，但为重新建立更清晰的鲤科鱼类分类体系奠定了基础。