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植物病原丝状真菌G蛋白偶联受体的预测方法对比研究

2023-03-20分类号:S432.44

【作者】韩长志  薄淑文  
【部门】西南林业大学生物多样性保护学院  云南省森林灾害预警与控制重点实验室  
【摘要】植物病原丝状真菌G蛋白偶联受体(GPCR)在实现外界信号感知和传递过程中发挥着重要作用。基于GPCR蛋白所具有的典型7个跨膜保守结构域及非典型保守结构域,通过总结前人已报道的候选GPCR的同源比对方法,对其跨膜结构域数量预测方法及跨膜结构蛋白数据库进行对比,明确TOPCONS是目前开展GPCR跨膜结构域预测的较好方法。选择NCBI数据库中223个不同真菌的GPCR蛋白序列开展TOPCONS和TMHMM对比分析,结果显示,2种软件对GPCR的跨膜结构域数量预测结果不尽相同,TOPCONS预测结果的准确度较高;进一步对上述GPCR蛋白序列的氨基酸数目进行分析,明确具有7个跨膜结构域的GPCR蛋白氨基酸数目为200~1 406个。该研究可为进一步开展植物病原丝状真菌GPCR蛋白的结构预测及其功能研究提供参考。
【关键词】植物病原丝状真菌  G蛋白偶联受体  预测方法  TOPCONS  对比分析
【基金】国家自然科学基金项目(31960314);; 云南省“兴滇英才支持计划”青年人才专项(YNWR-QNBJ-2020-188)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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