【摘要】【目的】分析犏牛、黄牛和娟姗牛瘤胃微生物多样性的差异,并对菌群功能进行预测。【方法】选取甘南藏族自治州合作市同一牧场放养的生理状态正常、年龄相近(1.5岁左右)的犏牛、黄牛和娟姗牛各6头,抽取瘤胃液于冻存管,放入液氮保存。基于16Sr RNA测序技术,对供试牛瘤胃液样本基因组DNA进行V3～V4区扩增及测序,对所得序列处理后进行OTU聚类分析和物种分类,并利用Tax4Fun对菌落的16S r RNA基因序列进行KEGG功能注释。【结果】Alpha多样性分析显示,犏牛瘤胃微生物多样性和丰富度显著高于黄牛和娟姗牛(P<0.05)。门分类水平上,犏牛瘤胃液中厚壁菌门、脱硫杆菌门、疣微菌门、髌骨细菌门和纤维菌门显著高于黄牛(P<0.05),脱硫杆菌门和疣微菌门显著高于娟姗牛(P<0.05)。属分类水平上的差异主要表现在厚壁菌门与拟杆菌门所属的各菌群中,犏牛瘤胃液中普雷沃菌属、瘤胃球菌属和解琥珀酸菌属丰度显著低于黄牛(P<0.05);理研菌科＿RC9菌群丰度显著高于黄牛(P<0.05);犏牛和娟姗牛瘤胃中克里斯氏菌科＿R-7菌群、瘤胃菌科＿NK4A214菌群、g＿norank＿f＿UCG-011和未分类毛螺菌科显著高于黄牛(P<0.05)。瘤胃菌群功能预测发现,犏牛富集在碳水化合物代谢、核苷酸代谢和翻译二级通路上的功能丰度显著高于黄牛(P0.05);黄牛二级通路中辅助因子和维生素的代谢功能丰度显著高于犏牛和娟姗牛(P<0.05)。【结论】犏牛和黄牛间瘤胃菌群组成差异较大,娟姗牛菌群组成介于犏牛和黄牛之间;犏牛瘤胃菌群发酵最具优势,可能为其适应高原地区严酷的生存环境发挥了重要作用。