【摘要】为评估基因型鉴定芯片在育种群体构建中的应用价值，实验对凡纳滨对虾3个群体(EE、PP和SS)进行急性肝胰腺坏死病(AHPND)副溶血弧菌(Vp_(AHPND))侵染实验，利用自主研发的40K SNP液相芯片“黄海芯1号”获得146尾个体的基因型信息，对群体遗传背景进行了系统调查并估算了AHPND抗性遗传力。Vp_(AHPND)浸染实验结果显示，不同群体间存在抗病差异，PP群体的存活性能比EE和SS群体分别高出12.9%和11.6%。利用质控后的38 148个SNP信息构建系统进化树，结果显示群体内同一个家系的个体首先聚在一起，进而同属一个群体的多个家系聚在一起。主成分和遗传结构分析显示，可以准确地将146尾个体划分为3个组，与系统进化树聚类结果一致。遗传多样性分析显示，3个群体的观测杂合度(H_o)平均值为0.25～0.29，多态信息含量(PIC)平均值为0.20～0.23，上述遗传参数达到极显著水平。3个群体间的遗传分化系数(F_(ST))为0.11～0.21，存在中高度遗传分化。基因组近交分析表明，EE、PP和SS群体的近交系数均值分别为-0.05±0.06、0.20±0.09和0.37±0.07，后2个群体内部分个体表现出较高的近交水平。使用ssGBLUPMF (Single Step Genomic BLUP with Metafounders)模型，复合基因型、表型和系谱信息，获得Vp_(AHPND)侵染后存活状态的遗传力估计值为0.24±0.07，表现为中等水平，表明基础群体具有较好的选育潜力。研究表明，利用液相芯片“黄海芯1号”开展辅助育种，可以进一步提高基础群体构建和评估的效率。