【摘要】为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构，利用SSR-seq技术和15个微卫星位点，对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示，15个微卫星位点共检测出112个等位基因，FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(N_a)分别为5.077、5.133和6.133个，平均有效等位基因(N_e)分别为2.816、2.873和3.638个，平均观测杂合度(H_o)分别为0.522、0.441和0.501，平均期望杂合度(H_e)分别为0.595、0.599和0.667，平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) H_e与H_o的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166)，平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(F_(st))介于0.018～0.176，为中低等程度的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)结果显示，3个群体的遗传变异主要源于个体间。主成分分析(PCoA)和聚类进化树结果均显示，3个群体之间的亲缘关系较近，其中IP群体遗传分化程度最高。研究表明，3个中间球海胆群体均具有较高的遗传多样性，多代家系选育和群体选育均未明显降低群体的遗传多样性，家系选育更有利于保持群体的杂合度和控制群体的近交水平，群体选育则会提升群体的遗传分化程度。