大豆LIM转录因子家族鉴定及盐胁迫响应分析
2023-03-14分类号:S565.1;Q943.2
【部门】山西农业大学农学院 晋中学院生物科学与技术系
【摘要】为探究大豆LIM转录因子家族基因在应答盐胁迫中的功能,利用生物信息学方法,根据大豆全基因组数据,共鉴定出21个LIM基因,命名为GmLIM01~GmLIM21,分析大豆LIM基因家族的染色体位置、蛋白质的理化性质、进化关系、保守基序以及对非生物逆境胁迫的响应。结果表明,这些GmLIM基因在大豆20条染色体中的14条染色体上分布不均,片段重复是大豆LIM家族扩大的主要原因。根据系统发育进化分析,大豆21个LIM基因可分为5个亚家族,与其他9个物种的LIM基因一起构建进化树,也可分为5个亚家族。大豆的21个GmLIM基因共包含10个基序,大部分LIM蛋白含有motif 1、motif 2和motif 4这3个保守基序。此外,顺式调控元件的分析表明,在GmLIM基因的启动子序列中,与光响应、生长发育、植物激素和非生物逆境胁迫应答相关的调控元件非常丰富。定量PCR结果表明,在盐胁迫处理后大豆叶和根中GmLIM07、GmLIM17基因的表达量分别在3和6 h达到峰值,后随着处理时间的加长表达量下降。综上GmLIM基因在大豆的盐胁迫应答过程中具有重要的调控作用。
【关键词】大豆 LIM基因 生物信息学 盐胁迫 基因表达模式
【基金】山西农业大学省部共建有机旱作农业国家重点实验室自主研发项目(202105D121008-3-8);山西农业大学育种工程(YZGC096);山西农业大学农学院育种工程重点培育专项(YZ2021-05);; 山西省自然科学基金(201901D111304,202103021224128)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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