【摘要】【背景】桃单果重和可溶性固形物含量（SSC）是育种家关注的两个重要的数量性状，受到多个微效基因的控制，难以通过单个标记进行早期筛选。全基因组选择作为一种新颖的数量性状早期预测工具，在果树上已经有了初步应用，但其在桃上的应用效果以及影响预测准确性的因素仍需要深入探讨。【目的】建立桃单果重和SSC的全基因组选择技术，为桃高效分子育种技术体系的建立奠定基础。【方法】以520株训练自然群体为试材，通过重测序筛选出的48 398个SNP进行分型，在11个全基因组预测模型中分别筛选出两个数量性状适宜的模型，进而在56株自然群体和1 145株杂交群体上进行应用。【结果】3类群体的平均测序数据量在1.95—3.52 Gb，测序深度为5.29—10.79×。训练自然群体经与参考基因组比对，共得到5 065 726个SNP，去除缺失率较高（>20%）、最小等位基因频率过低（