【摘要】综合性研究院往往因专业领域多、产品品种多、科研生产交叉、交付批量小等特点，在推进质量管理体系建设过程中会普遍面临质量手册和程序文件外第三层次作业文件如何建立的难题。文章通过剖析综合性研究院所不符合项整改案例，基于ISO 9001体系标准理解和分析，提出了如何编制好用、管用第三层次作业文件的思路，探讨了促进第三层次文件质量提升的方法，为促进质量管理要求融入业务流程提供了参考。