橄榄叶绿体基因组密码子偏好性特征
2022-07-12分类号:S667.5
【部门】福建省农业科学院果树研究所 广西农业科学院广西南亚热带农业科学研究所 闽南师范大学生物科学与技术学院
【摘要】利用CodonW程序和EMBOSS在线软件对橄榄叶绿体基因组进行密码子偏好性分析,并研究其密码子偏好性形成的影响因素.结果表明,橄榄叶绿体基因组有效密码子数(ENc)、密码子GC含量(GC)和密码子第3位上的GC含量(GC3s)分别为50.36、0.385和0.305,CGT、CCT和GGT等可作为橄榄叶绿体基因的最优密码子.中性绘图分析、ENc对应分析、偏倚分析和同义密码子相对使用度对应性分析发现,橄榄叶绿体基因组密码子偏好性不是单一因素影响的结果.橄榄叶绿体基因组密码子偏好性较弱,整体上偏好使用A和T,这种偏好性可能受突变压力、自然选择和其他因素的共同作用.
【关键词】橄榄 叶绿体 基因组 密码子偏好性 进化
【基金】农业农村部物种品种资源保护(热带作物)项目(151821301354051701);; 福建省自然科学基金项目(2019J01110);; 福建省人民政府与中国农业科学院农业高质量发展超越“5511”协同创新工程项目(XTCXGC2021019);; 漳州市自然科学基金项目(ZZ2020J35)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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