【摘要】为探讨盐碱水环境对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)基因组DNA甲基化的影响，本研究利用MethylRAD-Seq技术探究了长期盐碱水养殖组(SAS)和正常海水养殖对照组(SW)脊尾白虾鳃组织中的DNA甲基化水平，并对关键通路和基因进行了差异表达分析。结果显示，脊尾白虾鳃组织基因组中CG和CWG位点(W=A或T)分别检测到2 347 003和416 176处甲基化，甲基化普遍存在于基因组的基因间区和内含子区域，共筛选到8805个(8189个CG-DMSs和616个CWG-DMSs)差异甲基化位点，盐碱水环境下DNA甲基化水平略有增强。通过KEGG富集分析发现，DMS所在差异表达基因显著富集在HIF-1信号通路和剪接体通路，通路中hif-p、hk和sf3b1等关键基因在脊尾白虾盐碱水环境适应中可能发挥着重要作用；对SW和SAS组差异甲基化基因(DMG)进行筛选，得到158个CG-DMGs和94个CWG-DMGs，其中，富集到脂质代谢和囊泡介导的转运通路中的DMG最多；此外，有一些DNA甲基化位点与基因表达呈负相关，表明DNA甲基化与基因调控之间存在复杂的联系，大部分基因组DNA甲基化对基因表达有正调控效应。本研究结果首次分析了在盐碱水环境下脊尾白虾鳃组织的DNA甲基化水平特征，为解析甲壳类盐碱水环境适应机制提供了基础信息。