【摘要】[目的]探究西南牡丹品种群与不同种源牡丹品种的亲缘关系,为其栽培起源研究提供基础资料。[方法]以50个中原牡丹品种、20个西南牡丹品种、18个西北牡丹品种、6个国外牡丹品种、1个江南牡丹品种和2个野生种共计9 6份不同地理种源牡丹为材料,利用36个目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCoT)引物进行PCR扩增,筛选多态性比率好的条带,利用NTSYS-pc软件计算品种间的遗传相似性系数,在此基础上,采用UPGMA聚类分析个体间的亲缘关系。[结果]多态性好的引物共有18个,用其对96个牡丹样本进行扩增,共获得182条扩增条带,其中多态性条带172个,多态性比率为94.50%;96个样本间的遗传相似性系数在0.5523～0.868 1,品种间遗传差异较大,其中遗传相似性系数最大的是西北牡丹品种2与品种3,而紫斑牡丹与豆绿和中甸紫2的遗传相似性系数最小。在遗传相似性系数为0.693 1时,96个牡丹样本聚为8支,第1支由15个中原牡丹品种、4个西南牡丹品种和1个江南品种组成;第2支由2个西南牡丹品种丽江紫3和昭通粉1组成;第3支由35个中原传统牡丹品种聚成;第4支包括3个日本品种、1个法国品种和14个西南品种;第5支由17个紫斑牡丹杂交品种聚成;第6支仅有紫斑牡丹1个样本;第7支仅有黄牡丹1个样本;第8支由美国品种海黄和法国品种金晃聚成。[结论]西南牡丹品种与日本牡丹关系最近,与中原牡丹也有着近缘关系,而与其他种源的品种群关系较远。产地对西南牡丹品种的亲缘关系影响较大。