【摘要】基于2007—2015年我国27个省(市、自治区)的面板数据,将财政补贴与税收纳入模型,从理论上分析政府财税政策对医药制造业产业结构升级的影响,同时从产业结构高级化、结构合理化、结构生态化三个角度,测度产业结构升级水平;采用面板分位数方法分析财税政策对医药制造业产业结构升级的异质性影响。结果显示,我国医药制造业产业结构高级化、合理化、生态化存在明显的区域异质性;财政补贴明显有利于产业结构合理化和结构生态化发展,且存在明显的异质性影响,对结构高级化影响并不显著;企业所得税对整体产业结构高级化具有显著抑制影响,但随高级化水平提高,效应逐渐减弱;对产业结构生态化具有显著促进效应,而对产业结构合理化影响并不显著。文章围绕现阶段医药制造业产业升级趋势及财税政策的异质性影响,给出了相应的政策启示。