【摘要】【目的】云南地处低纬高原，作为中国第二大蔗区，近年来因多雨高湿加上感病品种大规模种植，导致由镰刀菌引起的甘蔗梢腐病在低纬高原云南蔗区扩散蔓延成灾，蔗糖产业严重减产减糖，面临严峻灾害威胁。为实现低纬高原云南蔗区甘蔗梢腐病的抗病育种和精准科学防控，亟需明确该病的病原菌种类、优势种及其系统进化关系。【方法】以采自云南省耿马县、孟连县、澜沧县勐滨镇、新平县、澜沧县、澜沧县上允镇、开远市和弥勒市等不同蔗区的14份梢腐病样品为材料，分别利用基于核糖体DNA非转录间隔区（rDNA-ITS）序列设计的梢腐病特异性检测引物Fv-F4/Fv-R4和Fp-F3/Fp-R3对甘蔗梢腐病病原菌Fusarium verticillioides（Fv）和Fusarium proliferatum（Fp）进行PCR检测。【结果】14份梢腐病样品中有12份均检测到2种梢腐病病原菌，存在混合侵染现象。选取7份混合侵染样品进行序列比对和系统进化分析，结果表明，本研究获得的Fv（MZ126549-MZ126555）和Fp（MZ102259-MZ102265）序列分别与已报道的Fv菌株20（KU508286）和Fv德宏菌株（KJ629482）的同源性为98.6% ～ 100%和100%。系统进化树中云南蔗区梢腐病病原菌主要分成两组，即Fv组和Fp组。除来自云南澜沧ROC 25和云南弥勒福农10-1405上的Fv单独聚为一个小组外，在Fv组中，5个混合侵染样品与不同地理来源Fv菌株聚为一组，并与F. oxysporum（广西菌株）有较近的亲缘关系。就Fp而言，本研究获得的Fp序列与不同地理来源Fp菌株聚为一组。【结论】初步确认Fv和Fp是低纬高原云南蔗区梢腐病的主要病原，且普遍存在混合侵染。