【摘要】【目的】马蓝种植区域广泛，在人工栽培中多采为自繁，不利于马蓝的优良品种选育。通过对云南省金平县生产中常栽的4个马蓝居群的重要农艺性状及植株不同部位主要活性成分靛玉红和靛蓝含量进行比较分析，为马蓝规范化栽培与品种选育提供依据。【方法】对4个马蓝居群的株高、茎粗、叶长、叶宽、分枝、部位生物量等重要农艺性状进行调查测定，采用HPLC法测定其植株各部位中靛玉红和靛蓝含量，并分析相关关系。【结果】各马蓝居群根、茎、叶干重占株干重比值分别为12.37% ～ 22.26%、52.03% ～ 70.58%、9.16% ～ 35.60%。4个马蓝居群各部位靛玉红、靛蓝含量顺序均为叶>茎>根。4个马蓝居群各部位靛玉红含量根、茎、叶比值为1: (1.99 ～ 2.79): (10.87 ～ 18.01)；靛蓝含量根、茎、叶比值为1: (1.60 ～ 5.97): (10.51 ～ 33.92)。叶鲜重、茎干重、叶干重、茎鲜重、茎靛蓝、根鲜重、二级分枝数、根干重、株鲜重、株干重、一级分枝数的变异系数较大，均在47%以上。茎粗与株鲜重、干重呈极显著正相关，与一级分枝数显著负相关；二级分枝数与株干重显著正相关；叶靛蓝含量与根干重极显著正相关，与株鲜、干重显著正相关，与根靛蓝含量显著负相关。通过主成分分析，提出4个主成分，累计贡献率为88.83%。【结论】在选育优良马蓝品种时，要重点考虑茎叶鲜干重大的品种。3号和4号马蓝居群是农艺性状好且靛蓝及靛玉红含量较高的优质马蓝资源，可为马蓝的优良品种选育及种植推广提供原料。