【摘要】创新型企业是创新型经济的核心主体和创新要素的集聚载体。文章以南京市为例，获取14 521条创新型企业POI，综合运用核密度分析、标准差椭圆、Moran's I指数（双变量）、DBSCAN聚类等多种空间研究方法分析了创新型企业在城市内部的空间特征，并与普通企业进行对比。结果表明：创新型企业在圈层分异、多心集聚、轴向延展等方面呈现出与普通企业不同的特征；在规模上发生“大中企业在产业载体高度集聚，小微企业在中心城区广泛分布”的错位格局；不同创新产业类型企业形成“专业化产业”全域园区集聚、“多样化产业”城区扩散集聚、“知识密集专业化产业”城区园区集聚三种组织模式；创新型企业在城市内部空间分布的本质是企业外部空间组织、企业内部需求决策、制度力量介入影响的复杂叠合过程。