【摘要】【目的】基于双酶切测序基因分型（Double-digest genotyping by sequencing,ddGBS）技术，挖掘黑杨派特异性单核苷酸多态性（Single-nucleotide-polymorphism,SNP）位点信息，旨在为杨树SNP标记开发、种质指纹图谱构建、遗传多样性分析及重要经济性状关联分析等研究提供位点信息。【方法】以46份黑杨派无性系种质为材料，采用Mse I+Taqa I双酶切基因组构建GBS文库并测序，使用Bowtie2将过滤后的序列数据比对到毛果杨参考基因组上，Stacks软件开发SNP位点，SnpEff软件注释SNP位点，R语言分析SNPs位点数目与染色体长度的相关性。【结果】共获得108 Gb数据，每个样本平均数据量为2.35 Gb；样本测序总序列数为218 156 221条，总碱基为62 832 509 890 bp，样本序列数及其碱基长度的平均值分别为4 742 526条和1 365 924 128 bp。Q30值为93.32%～94.44%，平均值为93.87%;GC含量为41.83%～44.96%，平均值为42.65%；碱基测序的平均错误率低于0.10%。这表明，GBS测序质量较高。序列比对至参考基因组的成功率为64.25%～73.53%，平均为69.89%；位点测序深度为12.40～24.70，平均值为18.40。过滤后共获得131 194个SNP位点，主要位于基因上、下游和转录区，其中，C/T和A/G变异类型最多，转换类型明显高于颠倒类型。98.41%(129 104)SNPs位点能成功定位到19条染色体上，位点平均分布密度为1/3 188 bp;SNPs位点数目与染色体长度呈极显著线性正相关。【结论】GBS技术能够有效地挖掘SNP位点信息，可用于大规模杨树SNP标记开发，为进一步开展杨树种质指纹图谱构建、遗传多样性分析以及重要经济性状关联分析等研究奠定了基础。