【摘要】为了解淀浦河、川杨河、大治河、金汇港、龙泉港等5条上海市骨干人工河流鱼类物种多样性及群落结构状况，于2021年6月（夏季）和11月（秋季）经过水样采集、eDNA抽滤和提取、12SrRNA遗传标记扩增、高通量测序与生物信息分析等分析流程。结果显示，两次调查共从5条骨干河流的20个断面中检测到80种鱼类，排除10种因厨余废物流入河道而被检出的海洋种类，实际栖息的可能有70种，隶属于10目22科55属，包括国家Ⅱ级重点保护动物胭脂鱼（Myxocyprinus asiaticus）和5种外来物种。夏季和秋季检出鱼类分别为48种和62种，每条河流平均35.2种和44.0种。但20个断面夏季的Chao1指数和ACE指数均大于秋季均值，而Shannon指数和Simpson指数均值均小于秋季。夏、秋两季共同的优势种为刀鲚（Coilia nasus）、鲫（Carassius auratus）和鲤（Cyprinus carpio）。Jaccard相似性分析显示，断面间相似性最好的龙泉港表现为极相似，但表现最差的大治河也为中等相似。Cluster聚类和NMDS排序分析显示，5条河流可分为显著差异的3组，即龙泉港、金汇港和除Z1断面外的大治河各断面为组Ⅰ，川杨河和淀浦河各断面为组Ⅱ，Z1断面为组Ⅲ，刀鲚、鲫、大鳍鱊（Acheilognathus macropterus）是造成组间差异的主要分歧种。本研究检出的鱼类物种数虽多于黄浦江干流已记录的物种数，但厨余废物流入河道也能被检出，可能存在一定的 “假阳性”现象。尽管如此，eDNA宏条形码技术仍在城市河流鱼类多样性评估方面展现良好应用前景。