【摘要】将科技创新绩效评价细化至基础研究绩效评价，同时考虑科技资源协同作用的影响，基于投入产出理论、资源配置理论和协同理论等，从基础研究的资源投入强度和资源协同两个角度，运用数据包络分析法测量我国教育部直属64所“双一流”建设高校2015—2019年的基础研究绩效水平，并通过投影值分析其基础研究投入产出结构的合理性。结果表明：各高校基础研究绩效水平存在明显差距，大部分高校基础研究投入产出结构不合理，基础研究资源投入过剩问题较为严重，财力和人力资源浪费严重，同时存在基础研究投入冗余、产出不足现象。由此提出我国高校应进一步强化基础研究意识、提升科研管理效率、加快引进高素质人才，优化基础研究投入产出结构，提升基础研究绩效水平。