【摘要】美济礁地貌独特、生物资源丰富,其海域微生物与渔业资源正被开发利用。为了解夏季美济礁潟湖海水养殖区细菌多样性及其与环境因子的相关性,试验通过高通量测序技术分析了该海区海水细菌的群落结构组成,探索了主要环境影响因子,并采用PICRUSt对菌群功能进行了预测分析。美济礁潟湖海水细菌群落组成丰富,分属于29个门、57个纲、152个目、256个科、439个属,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)。各个站点的3个水层之间的alpha多样性指数指数均存在差异,但均未达到显著水平。通过冗余分析发现,主要环境影响因子为盐度、COD/NO_3-N、活性硅酸盐、COD。通过PICRUSt功能预测,微生物功能以新陈代谢(氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量产生与转换)、遗传信息处理(蛋白质翻译与修饰、DNA复制重组和修复)及信息处理(信号转导机制、辅酶运输、无机离子运输)为主。该研究分析夏季美济礁潟湖养殖区海水细菌群落结构及其与环境因子的关系,为认识南海微生物多样性与合理开发利用、海域渔业的开发、生态系统的保护修复提供基础数据。