【摘要】创新效率是反映工业企业创新资源配置和创新质量的重要指标。文章利用Malmquist方法对2010—2019年京津冀、长三角、珠三角三大城市群中38个城市的工业企业全要素生产率进行测算，来反映工业企业创新效率的动态变化。研究表明：“十三五”时期工业企业创新效率的发展态势好于“十二五”时期。随着时间的推移，三大城市群工业企业创新效率动态变化存在差异，京津冀城市群和珠三角城市群工业企业创新效率处于提升状态，长三角城市群工业企业创新效率略有下降。同时，全要素生产率变化受技术效率变化和技术变化的影响程度存在区域差异。据此，文章提出要加快区域工业企业协同创新共同体建设，加大经费和人员等创新要素投入，完善企业创新服务体系等建议。