【摘要】长三角港航一体化在长三角高质量一体化中的地位至关重要，而长三角港航一体化的实现绕不开央地关系这一命题，尤其是诸多垂直领导部门的配合对相关工作至关重要。但是，现实中垂直领导部门经常因其垂直领导的性质和现有制度的束缚，难以积极回应长三角高质量一体化的地方需求，有时甚至会起阻碍作用，形成了长三角港航一体化的央地关系制度悖论。浙江自贸试验区在制度创新过程中，为该制度悖论提供了典型事例和集中体现。该制度悖论的根本成因在于现行制度体系缺乏有效的制度供给，不能促进“地方需求”与“垂直领导”之间的高效协作。对此，应以“事权法治制度一体化”的方略，以“三大清单”为路径，提供有效制度供给，促进中央和地方的良性联动。