2个NBS-LRR基因在不同森林草莓生态型中的遗传变异分析
2022-06-02分类号:S668.4
【部门】南京农业大学园艺学院
【摘要】[目的]本文旨在研究取自欧洲不同生态环境下的森林草莓生态型中的2个NBS-LRR抗病基因,揭示不同生态型中同一基因的遗传变异特征。[方法]选取森林草莓中具有代表性的2个NBS-LRR基因为目的基因,从不同森林草莓生态型中对其进行PCR扩增、测序并得到相应的核苷酸序列。利用ProtParam网站分析其理化性质;利用MEGA v7.0和DNAMAN v7.0对核苷酸序列以及蛋白序列进行多重比对,查找序列突变位点;利用Pfam、SMART、COILS等网站分析基因编码蛋白质的结构域组成;利用MEGA v7.0计算2个基因中不同生态型之间的K_(a)/K_(s)值、Pi值并构建系统进化树,分析其受到的选择压力及遗传进化关系。[结果]以Hawaii4的序列为参照,FvH4_5g22710和FvH4_1g15230基因在某些森林草莓生态型中发生了点突变和缺失突变。通过结构域分析可知FvH4_5g22710基因只在Rx_N结构域区段发生了突变,而在NB-ARC结构域和LRR基序中没有发生,FvH4_1g15230基因在其编码的蛋白质RPW8、NB-ARC结构域和LRR基序区段均发生了突变。进化树的拓扑结构显示,来自在同一国家的生态型,其目的基因更偏向于聚类在同一进化枝上;2个基因的平均K_(a)/K_(s)值均小于1,说明它们均受到纯化选择的驱动。[结论] 2个NBS-LRR基因在不同的森林草莓生态型中都有一定程度的变异,这提高了抗病基因的遗传变异程度,可能与提高森林草莓抗病性有一定关联。
【关键词】森林草莓 生态型 NBS-LRR基因 突变 选择压力
【基金】江苏高校优势学科建设工程资助项目
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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