白菜NAC基因家族全基因组鉴定及其应答春化反应的表达分析
2022-06-02分类号:S634
【部门】安徽农业大学园艺学院/安徽省园艺作物育种工程实验室 安徽省皖江蔬菜产业研究院 山东省济宁市鱼台县农业技术推广中心
【摘要】[目的]本文旨在鉴定白菜NAC(NAM-ATAF1/2-CUC2)基因家族,并对其应答春化反应的表达进行分析。[方法]利用生物信息学软件及公共数据库,全基因组鉴定白菜NAC基因家族成员,并对其染色体位置、基因结构特征、进化及复制模式等进行分析;利用转录组数据和RT-qPCR技术分析白菜NAC基因的表达模式以及其应答春化反应的表达水平。[结果]白菜NAC基因家族成员共有188个,基因结构及保守基序差异较小,大部分成员含有2~6个内含子。系统进化树分析表明,白菜与拟南芥NAC基因家族成员分可为7个亚簇。基因表达模式分析发现,大部分BrNAC基因表达具有组织特异性,仅少数成员在各组织中具有较高的表达丰度。春化反应转录组及RT-qPCR分析发现,白菜NAC基因家族中有5个成员(Bra004385、Bra004736、Bra031950、Bra036327、Bra033296)在白菜应答春化过程中维持较高的表达丰度。[结论]白菜NAC基因家族的扩张主要来源于基因复制事件,与拟南芥NAC基因家族关系密切,部分基因可能来自同一祖先。白菜NAC基因家族在各器官中的表达具有组织特异性,其中5个BrNAC基因在应答春化反应中具有重要作用。
【关键词】白菜 NAC基因家族 春化反应 生物信息学分析
【基金】国家自然科学基金项目(31801853);; 国家大学生创新创业基金项目(202110364080);; 安徽省大学生创新创业基金项目(S202010364238,S202010364239);; 安徽省博士后基金项目(2019B320)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
文献传递