【摘要】“首都北京”高等院校、科研院所等创新资源优势突出，在创新型国家战略中发挥着重要作用。然而，“首都北京”的光环掩盖了“城市北京”的创新能力，北京市属高校、科研院所对城市层面创新的真实贡献一直未得以测度。本文选取2009—2018年31个省(市)的数据，运用倾向得分匹配法识别北京市属科研机构创新能力与同类城市的差异，在此基础上，运用面板门槛模型探讨导致“相似的城市不同的创新能力”的外部环境因素。结果显示：(1)剔除国家级科研机构后，北京市属科研机构依然比同类城市具有更高的创新产出绩效；(2)城市宜居水平、高层次人才集聚水平对市属科研机构科研绩效有明显的门槛效应，两者突破门槛值后会显著提升科研绩效；(3)产业结构对市属科研机构科研绩效的门槛效应不稳健。以上结论提醒政策制定者在招才引智的过程中要重视看似非直接的环境因素影响，营造有利于创新的氛围。