【摘要】为探索织锦巴非蛤斧足颜色差异的分子机制，以指导高品质织锦巴非蛤的选育工作，本研究对织锦巴非蛤橘黄色和浅白色的斧足进行二代和三代转录组测序及差异表达分析。二代测序结果显示：6个样品共产生44.82 Gb clean data，GC含量为35.30%～38.21%，Q30碱基百分比均在94.43%以上；三代测序结果显示：橘黄色斧足组和浅白色斧足组分别得到16 968和21 611条高质量转录本，将其与各数据库进行比对，共获得5 058条有注释信息的全长转录本。以三代全长转录本作为参考序列，将二代数据比对回参考序列，鉴定到57个差异表达转录本。其中，橘黄色斧足组相对于浅白色斧足组有34个差异转录本表达量上调，23个差异转录本表达量下调。使用实时荧光定量PCR对随机挑选的12个差异表达转录本进行验证，其结果与转录组分析结果一致。随后，通过生物信息学分析发现，脂肪酸的生物合成和代谢、肌肉成分、能量代谢等都影响织锦巴非蛤斧足颜色的调控，其中过氧化物酶体增值物激活受体（PPARs）调节着脂肪酸的生物合成和代谢，肌钙蛋白是肌肉的重要组成成分，精氨酸激酶（AK）参与了色素富集过程中的能量供应。研究表明，PPARs、肌钙蛋白和AK在织锦巴非蛤色素富集过程中发挥着重要作用。