【摘要】【目的】明确低纬高原云南蔗区甘蔗锈病病原种类、发生分布特征、病原间及其与柄锈菌属其他锈菌的系统进化关系。【方法】通过症状观察，病原形态特征观察和分子检测对采自云南不同蔗区的57份锈病样品进行病原鉴定；并构建NJ树分析甘蔗锈病病原与其他柄锈菌的系统进化关系。【结果】云南勐海海引1号4份锈病样品的夏孢子堆桔黄色，夏孢子梨形，栗褐色或金黄色，表面有刺，壁顶端加厚10 μm，大小为（25～50）μm × （16～35）μm，具4～5个芽孔。核苷酸序列与已报道的屈恩柄锈菌（GU058021）同源性在99.9%以上，表明这些锈病样品是由屈恩柄锈菌引起的甘蔗黄锈病；其余53份锈病样品的夏孢子堆棕红色，夏孢子球形，棕色至深棕色，表面布满小刺，壁四周均匀加厚，大小为（20～40）μm × （13～25）μm，芽孔多4个；侧丝无色，匙形。核苷酸序列与已报道的黑顶柄锈菌（GU058001）同源性在99.8%以上，表明这些锈病样品都是由黑顶柄锈菌引起的甘蔗褐锈病。系统进化树显示，文章获得的4条屈恩柄锈菌与Puccinia polysora（GU058024）聚为1组，遗传关系近；53条黑顶柄锈菌与P. nakanishikii (GU058002)、P. rufipes (AJ296545)、Aecidium deutziae (KU309317)和P. coronata (DQ354526)等柄锈菌属锈菌聚为1组，遗传关系近；而2种甘蔗锈病菌的遗传关系相对较远。【结论】在低纬高原云南蔗区首次发现引起甘蔗黄锈病的屈恩柄锈菌，并证实引起褐锈病的黑顶柄锈菌是低纬高原甘蔗锈病的主要病原。