【摘要】【目的】开展苦瓜不同种质果肉厚度统计分析以及转录组测序分析，为后续研究苦瓜果实发育及相关调控机制提供理论参考。【方法】以70份苦瓜种质为对象，测定分析果肉厚度，并对差异显著材料进行高通量转录组测序和数据分析。【结果】①70份苦瓜材料果肉厚度存在品系间差异，其中LX1-3和ZK54差异显著，将前者作为厚肉型后者作为薄肉型材料用于转录组分析；②经转录组测序统计，LX1-3共得到得到234 825 400条干净序列，平均Q30值为92.74%，比对到参考基因组上的序列占总序列数的88.07%，其中，单一比对序列34 027 357条，占比86.98%，GC含量为46.54%；ZK54共得到241 318 020条干净序列，平均Q30值为92.26%；比对到参考基因组上的序列占总序列数的87.23%，其中，单一比对序列34 607 181条，占比86.06%，GC含量为46.75%；③2份种质中共发现差异基因1492个，预测到598个转录因子，GO数据库比对共得到616个注释，包括生物过程、细胞组分和分子功能三大类，参与生物过程的最多。KEGG代谢通路共富集到308个差异基因，其中上调基因中富集因子最高的为“卟啉和叶绿素代谢”途径，富集差异基因数目最多的途径为“核糖体”；下调基因中富集因子最高和富集下调差异基因最多的通路均为“苯丙素生物合成”。【结论】利用高通量测序结果推测苦瓜果肉发育可能受上调基因表达调控影响较大，这将有利于从分子水平对苦瓜发育调控机理进行深入研究，为推动苦瓜分子育种提供参考。