【摘要】【目的】很多虫草属（Cordyceps）物种含有丰富的虫草素、多糖、喷司他丁等有效成分，具有重要的医疗保健功效和开发利用价值。研究虫草属线粒体基因组特征及系统发育，为虫草科真菌物种的起源与进化、资源保护和开发利用提供借鉴。【方法】基于9种虫草菌线粒体基因组序列，利用Mega、REPuter、MISA、mVISTA和PAML等生物信息学软件，对线粒体基因组特征、序列重复、结构变异、基因进化和系统发育进行分析。【结果】虫草属物种线粒体基因组大小差异明显，均含有15个蛋白编码基因、2个rRNA和至少25个tRNA；物种重复序列数目差异较大，多为正向重复和回文重复，SSR主要为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复，且含有较高比例的A或T碱基；线粒体基因组结构高度相似，未发现基因重排现象，线粒体基因组大小和内含子长度呈线性正相关；基因rps3核苷酸变异程度较高，所有基因的dN/dS比率均小于1，nad5、rps3、cob、nad2和cox1等基因存在正选择位点；粗糙虫草和粉质虫草聚类关系较近，而细脚虫草、蝉棒束孢和蝉花虫草聚在一起。【结论】虫草属物种线粒体基因组结构保守，基因组大小主要受内含子影响，蛋白编码基因主要受纯化选择作用，部分基因在与宿主和环境互作过程中受到了轻微的选择作用。