【摘要】为了进一步分析日本囊对虾两种表型差异类型的系统发育关系，实验系统比较了两种类型线粒体全基因组的基因结构、遗传距离和密码子偏好性等特征。结果显示，两种类型线粒体基因组的基因重叠区、基因间隔和密码子等方面均存在差异。两种类型的线粒体蛋白编码基因核苷酸序列的相似度为91.10%～95.00%，氨基酸序列的相似度为96.15%～100%。两种类型的A+T富集区的同源性只有82.60%，分歧度为15.40%，呈现高度遗传分化。日本囊对虾两种类型蛋白编码基因的核苷酸序列分歧度大于明对虾属和叉肢螯虾属，但氨基酸序列的分歧度小于后者。研究发现，基于cytb基因的种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍；基于cox1基因的种间遗传距离分别是类型Ⅰ和类型Ⅱ的种内遗传距离的14.6倍和5.2倍。两种类型的nd1、nd4和nd5基因的Ka/Ks值大于1，表明受到正向选择。基于20种隶属9属的对虾线粒体基因组蛋白编码序列构建系统发育树，结果显示能有效地区分各属对虾，其中日本囊对虾的两种类型首先聚类，再与宽沟对虾聚类。以上结果表明日本囊对虾的两种表型差异类型基本达到物种水平，有必要进一步评估更多的性状差异，以提高两种囊对虾的特异性养殖技术。