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短短芽孢杆菌TetR基因家族的鉴定及表达模式分析

2022-06-01分类号:Q933

【作者】杜杰  雷平  张亮  龙青山  毕世宇  郭照辉  王运生  陈武  刘清术  
【部门】湖南省微生物研究院  湖南省农用微生物应用工程技术研究中心  湖南农业大学植物保护学院  
【摘要】采用生物信息学方法从生防菌短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)X23全基因组水平鉴定出13个TetR家族基因,将其命名为BbTetR1、…、BbTetR13,对其基本性质、基因结构和高级结构进行分析。结果表明:短短芽孢杆菌TetR家族成员在进化上具有保守性,基因序列长度为477~681 bp,编码的蛋白由168~226 个氨基酸组成,相对分子质量为1.9×10~(4)~2.57×10~(4),等电点为4.84~7.77;其基因家族成员可划分为3个亚族,亚族Ⅰ包含5个成员,亚族Ⅱ、亚族Ⅲ各包含4个成员;所有BbTetR蛋白均含有大量α–螺旋,且这些蛋白的空间结构呈现多样化;转录组分析结果表明,不同的BbTetR在短短芽孢杆菌不同生长时期的表达模式和表达量差异显著,BbTetR1、BbTetR5、BbTetR8和BbTetR10在短短芽孢杆菌不同生长阶段均有较高表达,推测其可能发挥更重要的调控作用。
【关键词】短短芽孢杆菌  TetR基因家族  生物信息学  表达模式
【基金】国家自然科学基金面上项目(31772216、32000047、31501698);; 湖南省重点研发项目(2019NK2192);; 湖南省自然科学基金面上项目(2019JJ40169、2019JJ40153、2019JJ40119);; 湖南省高新技术产业科技创新引领计划项目(2020NK2006)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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