【摘要】根据创新价值链理论构建包含非创新投入与产出的两阶段网络DEA模型，对专利密集型制造业和非专利密集型制造业的研发阶段和成果转化阶段创新效率进行评价与对比；在此基础上运用面板Tobit模型检验知识产权保护强度和自主创新、模仿创新投入对两类制造业两阶段创新效率的影响效果，以及两阶段创新效率之间的相互作用。结果表明：两类制造业的研发效率和成果转化效率目前水平较好并呈现上升趋势，但DEA有效的行业较少且存在行业差异；加强知识产权保护和自主创新投入能有效促进专利密集型制造业两阶段创新效率的提升，而对非专利密集型制造业的影响效果存在阶段性差异，模仿创新投入对二者两阶段创新效率增长没有显著促进作用；两类制造业的创新两阶段之间均不存在显著的正向溢出效应。基于以上实证分析结果，提出相应对策建议。