【摘要】【目的】研究林麝饲养种群的遗传多样性现状及遗传结构，为指导种群遗传管理及其饲养种群种质保护与利用提供理论依据。【方法】遴选陕西省宝鸡市凤县的片仔癀麝场和逢春麝场，汉中市留坝县的太子岭麝场，采用分子粪便学的方法，采集220份新鲜的粪便样品，成功获得112条mtDNA控制区序列，计算单倍型多样性和核苷酸多样性。【结果】在3个林麝繁育基地共检测到96个变异位点，均为简约信息位点，突变形式为转换和颠换，未出现插入和缺失现象；共获得36个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.957 8和0.039 5，单倍型多样性以片仔癀麝场最高，为0.953 9，留坝群体最低，为0.842 8；饲养种群间出现显著的遗传分化，其中，太子岭麝场和逢春麝场的遗传分化系数FST(0.137 7)最高，而太子岭麝场和片仔癀麝场的FST(0.077 2)最低。【结论】饲养林麝种群较之众多濒危有蹄类饲养种群的遗传多样性高，但林麝饲养种群之间基因交流较少，建议实施基于非损伤取样的粪便mtDNA分析技术对群体内和群体间进行遗传管理，保护饲养林麝种群现有的遗传多样性。