甘蔗栽培种WRKY基因家族鉴定及其在黑穗病菌胁迫下的表达分析
2022-01-11分类号：S435.661
【部门】福建农林大学农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室 福建农林大学国际学院 福建农林大学生命科学学院
【摘要】从甘蔗栽培种R570基因组数据库中挖掘到60个ShWRKY(ShWRKY1～ShWRKY600)基因,分布于10条染色体上,每条染色体上有3～13个ShWRKY基因.系统进化树分析表明60个ShWRKY蛋白中,属于Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类的分别有10、32和18个.所有ShWRKY家族成员皆为亲水性核定位蛋白,且除ShWRKY13为稳定蛋白外,其余家族成员都不稳定.ShWRKY基因家族的外显子数目为1～5个,保守基序数目为3～7个.启动子区域序列预测显示,ShWRKY基因包含多个与胁迫、生长发育和激素响应相关的顺式作用元件.表达谱分析显示,ShWRKY基因在甘蔗不同组织中差异表达,且参与对黑穗病菌胁迫的响应过程.RT-qPCR检测结果显示,接种黑穗病菌7 d后,ShWRKY37基因在2个甘蔗抗病品种和1个感病品种中上调表达,而在另外1个感病品种中下调表达;ShWRKY51基因则在抗病品种中下调表达,而在感病品种应答早期(1 d)上调表达.
【关键词】甘蔗 WRKY转录因子 生物信息学分析 黑穗病菌胁迫 基因表达
【基金】福建农林大学科技创新专项基金项目(CXZX2020081A);; 福建省自然科学基金项目(2020J01591);; 财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系资助项目(CARS-17)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
文献传递
