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灵芝转录因子同源蛋白生物信息学分析及转录表达特性研究

2022-01-25分类号:S567.31

【作者】刘笑天  仇昊  田莉  师亮  任昂  赵明文  谢荣  
【部门】南京农业大学生命科学学院  西藏自治区农牧科学院蔬菜研究所  
【摘要】[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选,分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化,为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础。[方法]运用生物信息学方法,分析灵芝蛋白数据库,将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较,从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白。对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析。通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化。[结果]经数据库的比对,获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白,其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C2H2保守结构域的同源蛋白数目最多,分别为61、55和40个。进化树分析结果表明,灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组。染色体定位结果显示,Chr3上的转录因子同源蛋白数量最多,Chr13上的最少。亚细胞定位预测结果表明,位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数目较多,分别为108和78个。乙酸处理组的转录组数据表明,含有TEA结构域的GL22568_R1乙酸处理后转录水平显著下调;含有C2H2结构域的GL16029_R1,含有Zn2Cys6结构域的GL17627_R1、GL16724_R1和GL21326_R1乙酸处理后转录水平显著上调。[结论]灵芝转录因子家族分类较多,分布较广,其中分属于TEA、C2H2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理。
【关键词】灵芝  基因组  转录因子  生物信息学  乙酸处理转录组
【基金】中央高校基本科研业务费专项资金(KYYZ202002);; 西藏自治区自然科学基金项目(ZRKX2019000251)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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