【摘要】推动企业成为创新决策、研发投入、科研组织和成果应用的主体，是实施创新驱动发展战略的关键。针对企业创新主体地位较难衡量且缺乏考虑企业创新效率的问题，从规模视角入手，基于创新价值链分析，通过区分企业所有制性质，研究企业创新主体地位评价指标体系和评价方法。同时，结合BCC-DEA模型和DEA-Malmquist指数，从创新效率角度系统探讨企业创新主体地位。以上海为例的实证结果表明，上海企业在研发投入端的创新主体地位相对突出，但呈不断弱化趋势，尤其是R&D经费增长显著落后于科研机构和高等院校；在以发明专利为代表的产出端，企业创新主体地位尚不明显，且同样存在比重下滑迹象。外资企业年度创新效率表现最优，内资企业处于明显劣势，但得益于技术效率增长，科技创新全要素生产率保持年均微幅增长，而港澳台商投资企业创新效率存在递减态势。最后提出加强科技资源配置、挖掘科技产出、加大科技成果转化力度等建议。