【摘要】【目的】为探讨形态性状和SSR标记鉴定的差异,为玉米SSR标记鉴定规程的完善提供理论依据。【方法】用从SSR标记鉴定规程中筛选出20对核心引物,对45个杂交玉米品种进行特异性和多样性分析。同时,测试了45个杂交玉米品种38个必测性状,基于形态性状进行特异性和多样性分析,比较分析形态性状鉴定与SSR标记鉴定之间的差异关系。【结果】45个杂交玉米品种SSR标记鉴定和形态性状鉴定的特异性结果一致,45个杂交玉米品种均具有特异性。20对SSR核心引物在45个玉米杂交种中检测到218个等位变异,平均每对引物检测到10.90个;平均有效等位变异为3.1600;平均Shannon-Weaver多样性信息指数为2.8922。38个必测性状在45个玉米杂交种中检测到178个等位变异,平均每个性状检测到4.6842个;平均Shannon-Weaver多样性信息指数为1.2593;平均有效等位变异为2.7830。SSR标记和形态性状聚类分析显示,45个杂交玉米品种间的相似系数分别为0.62～0.94、0.31～0.68,聚类分析结果可将45个杂交玉米品种划分为3大类群,且两种聚类结果相似度较高。【结论】2个杂交种间的分子差异值是形态差异值的1.94倍,建议将SSR标记鉴定中分子差异值≥4作为一个申请品种具有特异性的判定标准。