【摘要】【目的】间作套种对病害控制的研究已得到越来越多的关注，本研究旨在探明间作桃树对石榴枯萎病土壤真菌多样性的影响。【方法】以ITS5-1737F和ITS2-2043R为引物，对云南蒙自石榴枯萎病根际土壤（MZD）、健康石榴根际土壤（MZ）以及间作桃树修复石榴枯萎病根际土壤（MZP）样品的真菌ITS区进行扩增，采用Illumina Hiseq高通量测序的方法系统分析三种土壤样品的根际微生物真菌群落组成及多样性。【结果】MZD，MZ，MZP在门水平上的平均序列数目分别为32865、34698、28714，在属水平上的平均序列数目分别为30901，30514，27002，多年生石榴树根际土壤真菌的平均序列数多于间作桃树修复枯萎病石榴树。MZD、MZ、MZP得到的OTU数分别为1174、1076、1007，韦恩图分析表明，MZD特有OTUs数为152个，MZ特有OTUs数为47个，MZP特有OTUs数为94个。PCA分析结果表明，真菌群落组成间作桃树修复石榴枯萎病根际土壤与石榴枯萎病根际土壤差异较大，石榴枯萎病根际土壤真菌的群落组成通过间作桃树得到了较大程度改变。在属的分类水平上，共鉴定到481属真菌，间作桃树修复石榴枯萎病土壤与健康石榴土壤差异显著的真菌属有Un--s-Hypocreales sp.，Un--s-Cordycipitaceae sp.，Un--s-Microascales sp.，腐质霉属（Humicola），葡萄穗霉属（Stachybotrys），透孢黑团壳属（Massarina），Stagonosporopsis等21个；间作桃树修复石榴枯萎病根际土壤与石榴枯萎病根际土壤差异显著的真菌属有被孢霉属（Mortierella），壳针孢属（Septoria），腐质霉属（Humicola），葡萄穗霉属（Stachybotrys），透孢黑团壳属（Massarina）等47个。【结论】多年生石榴树根际真菌的平均序列数多于间作桃树枯萎病石榴树，多年生石榴树单一种植的土壤根际真菌趋向于增多。通过间作桃树可以改变石榴枯萎病根际土壤真菌群落组成及多样性，改善土壤微生态平衡，促进石榴健康生长，对保护石榴产业的可持续发展有重要的经济意义和社会效益。