【摘要】【目的】探索全舍饲饲养方式取代传统饲养方式后对藏系绵羊粪便微生物菌群结构与功能的影响。【方法】选择高原型藏羊后备母羊12只（1～1.5岁），随机分为2组，每组6只，分别进行全舍饲饲养（RS）和自然放牧饲养（RF），试验期60 d。试验期第58～60天，采用全收粪法收集不同饲养方式下藏系绵羊粪便，进行16S rDNA测序。【结果】①不同饲养方式下的藏羊粪便微生物菌群结构差异显著(P<0.05)，在自然放牧饲养方式下藏羊粪便微生物菌群多样性高于全舍饲饲养方式。②在门分类水平上，厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门(Bacteroidetes)是藏羊粪便微生物菌群中的优势菌门，全舍饲组样本中的放线菌门(Actinobacteria)和螺旋体门(Spirochaetes)的相对含量显著高于自然放牧组（P<0.05）。③在科分类水平上，瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)为优势菌科，自然放牧组在克里斯滕森菌科（Christensenellaceae）和拟杆菌科（Bacteroidaceae）的含量显著高于全舍饲组（P<0.05）。④KEGG功能注释表明，2组藏羊粪便微生物菌群功能主要都集中在新陈代谢、基因信息处理和环境信息处理。【结论】不同的饲养方式虽然对藏羊粪便微生物菌群结构影响差异显著，但对微生物功能的影响不明显，表明藏系绵羊能够适应全舍饲饲养模式，适合集约化规模化养殖。