【摘要】【目的】探讨DNA条形码技术应用于鉴定云南省蝇类的可行性，并初步建立云南省蝇类基因数据库。【方法】采用微生物诱剂在云南省河口县、大理市、剑川县、蒙自市和元江县诱捕双翅目昆虫，并以COI基因序列鉴定和比较科、属、种分类单元遗传距离。【结果】云南5地共诱捕到果蝇科、实蝇科、丽蝇科、厕蝇科、蝇科、麻蝇科和花蝇科等7科21属43种昆虫，它们的COI基因序列种内进化分歧均数在0.002～0.098,种间进化分歧数平均为0.156,同一科的物种大部分能聚集在一起，但也有与形态分类不一致的情况；果蝇科、实蝇科、丽蝇科、厕蝇科、蝇科、麻蝇科和花蝇科等7科的种间平均遗传距离分别是0.151、0.225、0.123、0.143、0.158、0.158、0.103,种内遗传距离分别是：0.006、0.025、0.012、0.013、0.011、0.006、0.01。7科种间遗传距离分别是种内遗传距离的25.2、10.2、10.2、11.0、14.4、27.3、10.3倍。【结论】COI基因为基础的DNA条形码技术可作为形态学鉴定的补充手段用于云南省常见蝇类的鉴定。