【摘要】【目的】探究烟蒜轮作对烟田土壤真菌群落结构的影响，以期寻找改善土壤健康的农艺管理模式。【方法】利用高通量测序技术检测烟蒜轮作的易感病烟田和健康烟田中的土壤真菌，对比分析烟蒜轮作对烟田土壤真菌群落结构的影响。【结果】德昌县试验烟田土壤优势真菌门依次为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和norank＿k＿＿Fungi，相对丰度占总菌的90.80%～94.59%。烟草移栽前，种植大蒜的易感病烟田子囊菌门和担子菌门相对丰度显著高于健康烟田；与健康烟田相比，散囊菌纲（Eurotiomycetes）相对丰度显著降低，子囊菌纲（Sordariomycetes）显著增加；粪壳菌目未知菌属（norank＿o＿＿Sordariales）、镰刀菌属（Fusarium）相对丰度显著高于健康烟田，但健康烟田的镰刀菌属相对丰度显著低于易感病烟田种植烟草的土壤，unclassified＿f＿＿Trichocomaceae在健康烟田显著高于易感病烟田。移栽前和成熟期易感病烟田的担子菌门显著较高，与有机质和碱解氮呈极显著正相关。健康烟田在旺长期真菌多样性比移栽前显著降低，但稍高于易感病烟田；到成熟期又显著上升，高于易感病烟田，易感病烟田移栽前的真菌多样性最高。【结论】种植大蒜提高了易感病烟田土壤有益真菌的种类和多样性，且降低了病原菌的相对丰度，使发病率由50.15%降到8.57%。因此烟蒜轮作可改变易感病烟田土壤真菌群落结构，使其趋于健康烟田，从而降低烟田真菌型土传病害的发生。