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基于BSA-seq技术挖掘芝麻株高相关候选基因

2021-12-28分类号:S565.3

【作者】崔彦芹  郭元章  侯少锋  李思达  关中波  徐桂真  
【部门】河北省农林科学院粮油作物研究所河北省作物遗传育种实验室  
【摘要】为了进一步挖掘芝麻株高相关基因,为适机收芝麻新品种选育提供理论指导,以冀航芝1号和DW607为亲本构建F_2群体,并构建以株高为目标性状的极端混池,利用BSA-seq技术,采用ED和Δ(SNP-index或InDel-index)2种方法挖掘株高相关的染色体区段,注释区段内的基因信息,利用GO和KEGG等数据库分析注释基因的功能。结果发现,亲本之间共获得298 634个SNP和76 360个InDel,混池之间共获得24 048个SNP和9 630个InDel;基于SNP标记的ED方法关联到5个染色体区段,ΔSNP-index方法关联到3个染色体区段,两者的交集有3个;基于InDel标记的ED方法关联到5个染色体区段,ΔInDel-index方法关联到8个染色体区段,两者的交集有8个;4个染色体区段同时被SNP和InDel标记关联到,共注释到330个基因,比对到的前20个KEGG通路主要包括植物激素信号转导和能量代谢;GO富集结果表明,有18个基因参与生长素响应,可能是参与株高调控的关键基因。
【关键词】芝麻  株高  混池测序  候选基因
【基金】国家特色油料产业技术体系(CARS-14-2-01);; 河北省省级科技计划——现代种业科技专项(19226349D);; 河北省农林科学院创新工程(2019-4-3-4)
【所属期刊栏目】华北农学报
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